BIDS inventory

%22%22%22BIDS%20datasets%20dashboard%2C%20as%20a%20marimo%20notebook.%0A%0AOpened%20by%20%60%60bids_inventory%20browse%60%60%20(%60%60bids_inventory%20browse%20--edit%60%60%20to%20edit%20it).%0A%0ANeeds%3A%20pip%20install%20'bids-inventory%5Bbrowse%5D'%0A%0AAlso%20deployed%20on%20GitHub%20Pages%2C%20where%20it%20runs%20in%20the%20browser%20(WebAssembly)%3A%0Asee%20.github%2Fworkflows%2Fdeploy_dashboard.yml.%0A%22%22%22%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.25.2%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22full%22%2C%20app_title%3D%22BIDS%20inventory%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%0A%20%20%20%20if%20sys.platform%20%3D%3D%20%22emscripten%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20in%20the%20browser%20(WebAssembly%2C%20on%20GitHub%20Pages)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20bids_inventory%20is%20not%20on%20PyPI%2C%20install%20the%20wheel%20deployed%20next%20to%20the%20notebook%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20marimo%20as%20_mo%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20pyodide.http%20import%20pyfetch%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_public%20%3D%20_mo.notebook_location()%20%2F%20%22public%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_wheel%20%3D%20(await%20(await%20pyfetch(str(_public%20%2F%20%22wheel.txt%22))).string()).strip()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20await%20micropip.install(%5Bstr(_public%20%2F%20_wheel)%2C%20%22plotly%22%5D)%0A%20%20%20%20bids_inventory_installed%20%3D%20True%0A%20%20%20%20return%20(bids_inventory_installed%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(bids_inventory_installed)%3A%0A%20%20%20%20assert%20bids_inventory_installed%0A%20%20%20%20import%20contextlib%0A%20%20%20%20import%20tempfile%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20from%20bids_inventory._plotting%20import%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20channels_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20datatypes_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20field_strength_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_formats_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20histogram_tasks%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20institutions_map%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nb_datatypes_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_age_distribution%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_bar_per_dataset%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_female_ratio_vs_participants%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_per_dataset%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_unique_participants%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20physio_types_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_dataset_size_vs_time%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_hours_vs_time%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20run_durations_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20scatter_subject_vs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20version_histogram%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20from%20bids_inventory._version%20import%20version%0A%20%20%20%20from%20bids_inventory.institutions%20import%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20count_institutions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20institutions_locations%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20load_institutions%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20from%20bids_inventory.listing%20import%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20KNOWN_DATATYPES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20known_datasets_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_participants_df%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20from%20bids_inventory.wrangling%20import%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20NOT_SPECIFIED%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filter_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_dataset_listing%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20wrangle_data%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20KNOWN_DATATYPES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20NOT_SPECIFIED%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20channels_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20contextlib%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20count_institutions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20datatypes_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20field_strength_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_formats_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filter_data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20histogram_tasks%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20institutions_locations%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20institutions_map%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20known_datasets_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20load_institutions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nb_datatypes_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_age_distribution%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_bar_per_dataset%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_female_ratio_vs_participants%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_participants_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_per_dataset%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_unique_participants%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20physio_types_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_dataset_size_vs_time%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_hours_vs_time%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20run_durations_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_dataset_listing%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20scatter_subject_vs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tempfile%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20version%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20version_histogram%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20wrangle_data%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20NOT_SPECIFIED%2C%0A%20%20%20%20known_datasets_df%2C%0A%20%20%20%20load_institutions%2C%0A%20%20%20%20neurobagel_participants_df%2C%0A%20%20%20%20wrangle_data%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20df%20%3D%20wrangle_data(known_datasets_df())%0A%20%20%20%20SOURCES%20%3D%20sorted(df%5B%22source%22%5D.unique().tolist())%0A%20%20%20%20%23%20a%20dataset%20may%20have%20several%20species%0A%20%20%20%20SPECIES%20%3D%20sorted(%7Bx%20for%20species%20in%20df%5B%22species%22%5D%20for%20x%20in%20species%7D%20%7C%20%7BNOT_SPECIFIED%7D)%0A%20%20%20%20%23%20countries%20of%20the%20institutions%2C%20with%20their%20number%20of%20datasets%0A%20%20%20%20COUNTRIES%20%3D%20df%5B%22countries%22%5D.explode().dropna().value_counts().sort_index()%0A%20%20%20%20%23%20MRI%20field%20strengths%20(%223T%22...%20and%20%22unknown%22%20last)%2C%20with%20their%20number%20of%20datasets%0A%20%20%20%20FIELD_STRENGTHS%20%3D%20df%5B%22field_strengths%22%5D.explode().dropna().value_counts()%0A%20%20%20%20FIELD_STRENGTHS%20%3D%20FIELD_STRENGTHS.loc%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sorted(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20FIELD_STRENGTHS.index%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%3Dlambda%20x%3A%20float(x.removesuffix(%22T%22))%20if%20x.endswith(%22T%22)%20else%20float(%22inf%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20MAX_SESSIONS%20%3D%20int(df%5B%22nb_sessions%22%5D.max())%0A%20%20%20%20MAX_RUNS%20%3D%20int(df%5B%22nb_runs%22%5D.fillna(0).max())%0A%20%20%20%20institutions%20%3D%20load_institutions()%0A%20%20%20%20neurobagel_participants%20%3D%20neurobagel_participants_df()%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20COUNTRIES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20FIELD_STRENGTHS%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MAX_RUNS%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MAX_SESSIONS%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SOURCES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SPECIES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20institutions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_participants%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Ch1%20style%3D%22text-align%3A%20center%22%3EBIDS%20inventory%3A%20BIDS%20datasets%20dashboard%3C%2Fh1%3E%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20COUNTRIES%2C%0A%20%20%20%20FIELD_STRENGTHS%2C%0A%20%20%20%20KNOWN_DATATYPES%2C%0A%20%20%20%20MAX_RUNS%2C%0A%20%20%20%20MAX_SESSIONS%2C%0A%20%20%20%20NOT_SPECIFIED%2C%0A%20%20%20%20SOURCES%2C%0A%20%20%20%20SPECIES%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20checklist(options%3A%20list%5Bstr%5D)%20-%3E%20mo.ui.array%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Return%20a%20list%20of%20checkboxes%2C%20all%20checked.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.ui.array(%5Bmo.ui.checkbox(label%3Dx%2C%20value%3DTrue)%20for%20x%20in%20options%5D)%0A%0A%20%20%20%20def%20true_false_both()%20-%3E%20mo.ui.radio%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.ui.radio(options%3D%5B%22true%22%2C%20%22false%22%2C%20%22both%22%5D%2C%20value%3D%22both%22%2C%20inline%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20datatypes%20%3D%20checklist(KNOWN_DATATYPES)%0A%20%20%20%20datatypes_and_or%20%3D%20mo.ui.radio(options%3D%5B%22AND%22%2C%20%22OR%22%5D%2C%20value%3D%22OR%22%2C%20inline%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20def%20regex_checkbox()%20-%3E%20mo.ui.checkbox%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.ui.checkbox(label%3D%22regular%20expression%22%2C%20value%3DFalse)%0A%0A%20%20%20%20task%20%3D%20mo.ui.text(value%3D%22%22)%0A%20%20%20%20task_regex%20%3D%20regex_checkbox()%0A%20%20%20%20institution%20%3D%20mo.ui.text(value%3D%22%22%2C%20placeholder%3D%22for%20example%3A%20McGill%22)%0A%20%20%20%20institution_regex%20%3D%20regex_checkbox()%0A%20%20%20%20ALL_COUNTRIES%20%3D%20%22all%20countries%22%0A%20%20%20%20country%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ALL_COUNTRIES%3A%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7Bf%22%7Bname%7D%20(%7Bcount%7D%20datasets)%22%3A%20name%20for%20name%2C%20count%20in%20COUNTRIES.items()%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3DALL_COUNTRIES%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20searchable%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20author%20%3D%20mo.ui.text(value%3D%22%22%2C%20placeholder%3D%22for%20example%3A%20Poldrack%22)%0A%20%20%20%20author_regex%20%3D%20regex_checkbox()%0A%20%20%20%20ALL_FIELD_STRENGTHS%20%3D%20%22all%22%0A%20%20%20%20field_strength%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ALL_FIELD_STRENGTHS%3A%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**%7Bf%22%7Bname%7D%20(%7Bcount%7D%20datasets)%22%3A%20name%20for%20name%2C%20count%20in%20FIELD_STRENGTHS.items()%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3DALL_FIELD_STRENGTHS%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%23%20ages%20of%20the%20participants%3A%20the%20full%20range%20keeps%20all%20the%20datasets%0A%20%20%20%20age%20%3D%20mo.ui.range_slider(start%3D0%2C%20stop%3D100%2C%20step%3D1%2C%20value%3D%5B0%2C%20100%5D%2C%20show_value%3DTrue)%0A%20%20%20%20age_unknown%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22keep%20the%20datasets%20without%20participant%20ages%22%2C%20value%3DTrue)%0A%20%20%20%20min_sessions%20%3D%20mo.ui.number(start%3D1%2C%20stop%3DMAX_SESSIONS%2C%20value%3D1%2C%20label%3D%22from%22)%0A%20%20%20%20max_sessions%20%3D%20mo.ui.number(start%3D1%2C%20stop%3DMAX_SESSIONS%2C%20value%3DMAX_SESSIONS%2C%20label%3D%22to%22)%0A%20%20%20%20min_runs%20%3D%20mo.ui.number(start%3D0%2C%20stop%3DMAX_RUNS%2C%20value%3D0%2C%20label%3D%22from%22)%0A%20%20%20%20max_runs%20%3D%20mo.ui.number(start%3D0%2C%20stop%3DMAX_RUNS%2C%20value%3DMAX_RUNS%2C%20label%3D%22to%22)%0A%20%20%20%20sources%20%3D%20checklist(SOURCES)%0A%20%20%20%20sources_and_or%20%3D%20mo.ui.radio(options%3D%5B%22AND%22%2C%20%22OR%22%5D%2C%20value%3D%22OR%22%2C%20inline%3DTrue)%0A%20%20%20%20fmriprep%20%3D%20true_false_both()%0A%20%20%20%20mriqc%20%3D%20true_false_both()%0A%20%20%20%20physio%20%3D%20true_false_both()%0A%20%20%20%20participants%20%3D%20true_false_both()%0A%20%20%20%20%23%20most%20datasets%20whose%20species%20is%20not%20specified%20are%20about%20humans%0A%20%20%20%20species%20%3D%20mo.ui.array(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.ui.checkbox(label%3Dx%2C%20value%3Dx%20in%20%7B%22homo%20sapiens%22%2C%20NOT_SPECIFIED%7D)%20for%20x%20in%20SPECIES%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20age%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20age_unknown%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20author%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20author_regex%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20country%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20datatypes%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20datatypes_and_or%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20field_strength%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fmriprep%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20institution%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20institution_regex%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_runs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_sessions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20min_runs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20min_sessions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mriqc%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20participants%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20physio%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sources%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sources_and_or%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20species%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20task%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20task_regex%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20age%2C%0A%20%20%20%20age_unknown%2C%0A%20%20%20%20author%2C%0A%20%20%20%20author_regex%2C%0A%20%20%20%20country%2C%0A%20%20%20%20datatypes%2C%0A%20%20%20%20datatypes_and_or%2C%0A%20%20%20%20field_strength%2C%0A%20%20%20%20fmriprep%2C%0A%20%20%20%20institution%2C%0A%20%20%20%20institution_regex%2C%0A%20%20%20%20max_runs%2C%0A%20%20%20%20max_sessions%2C%0A%20%20%20%20min_runs%2C%0A%20%20%20%20min_sessions%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20mriqc%2C%0A%20%20%20%20participants%2C%0A%20%20%20%20physio%2C%0A%20%20%20%20sources%2C%0A%20%20%20%20sources_and_or%2C%0A%20%20%20%20species%2C%0A%20%20%20%20task%2C%0A%20%20%20%20task_regex%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20section(title%3A%20str%2C%20description%3A%20str%20%7C%20None%2C%20*elements%3A%20object)%20-%3E%20mo.Html%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.md(f%22%23%23%20%7Btitle%7D%22)%2C%20*(%5Bmo.md(description)%5D%20if%20description%20else%20%5B%5D)%2C%20*elements%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22datatypes%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20for%20specific%20datatypes%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.vstack(list(datatypes))%2C%20datatypes_and_or%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20align%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22task%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20with%20a%20task%20containing%20this%20text%20(case%20insensitive)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Btask%2C%20task_regex%5D%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22author%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20with%20an%20author%20containing%20this%20text%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bauthor%2C%20author_regex%5D%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D4%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22institution%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20from%20an%20institution%20containing%20this%20text%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22(names%20as%20in%20bids_inventory%2Fdata%2Finstitutions.json)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Binstitution%2C%20institution_regex%5D%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22country%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20from%20an%20institution%20in%20this%20country%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20country%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22MRI%20field%20strength%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20with%20MRI%20data%20at%20this%20field%20strength%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22('unknown'%3A%20MRI%20data%20without%20MagneticFieldStrength%20in%20the%20sidecars)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20field_strength%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D4%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22age%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20with%20participants%20of%20these%20ages%20(in%20years)%2C%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22from%20the%20participants.tsv%20annotated%20by%20Neurobagel%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5Bage%2C%20age_unknown%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22sessions%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20with%20this%20number%20of%20sessions%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmin_sessions%2C%20max_sessions%5D%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22runs%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20with%20this%20number%20of%20runs%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22(of%20the%20first%20participant%2C%20across%20tasks)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmin_runs%2C%20max_runs%5D%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22start%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D4%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22sources%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Keep%20datasets%20from...%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bmo.vstack(list(sources))%2C%20sources_and_or%5D%2C%20justify%3D%22start%22%2C%20align%3D%22start%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22species%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Keep%20datasets%20about%20these%20species%3A%20a%20dataset%20is%20kept%20only%20if%20all%20its%20species%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20are%20selected%20(for%20example%20a%20dataset%20with%20humans%20and%20a%20phantom%20needs%20both).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20The%20species%20are%20from%20the%20species%20column%20of%20the%20participants.tsv%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20or%20from%20bids_inventory%2Fdata%2Fspecies.tsv%20for%20some%20datasets%20without%20one.%22%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(list(species))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%22fmriprep%22%2C%20%22Keep%20datasets%20with%20fmriprep%20data%22%2C%20fmriprep)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%22mriqc%22%2C%20%22Keep%20datasets%20with%20mriqc%20data%22%2C%20mriqc)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%22physio%22%2C%20%22Keep%20datasets%20with%20physiological%20data%22%2C%20physio)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20section(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22participants%22%2C%20%22Keep%20only%20datasets%20with%20participants.tsv.%22%2C%20participants%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20justify%3D%22space-between%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20KNOWN_DATATYPES%2C%0A%20%20%20%20MAX_RUNS%2C%0A%20%20%20%20MAX_SESSIONS%2C%0A%20%20%20%20SOURCES%2C%0A%20%20%20%20SPECIES%2C%0A%20%20%20%20age%2C%0A%20%20%20%20age_unknown%2C%0A%20%20%20%20author%2C%0A%20%20%20%20author_regex%2C%0A%20%20%20%20country%2C%0A%20%20%20%20datatypes%2C%0A%20%20%20%20datatypes_and_or%2C%0A%20%20%20%20df%2C%0A%20%20%20%20field_strength%2C%0A%20%20%20%20filter_data%2C%0A%20%20%20%20fmriprep%2C%0A%20%20%20%20institution%2C%0A%20%20%20%20institution_regex%2C%0A%20%20%20%20max_runs%2C%0A%20%20%20%20max_sessions%2C%0A%20%20%20%20min_runs%2C%0A%20%20%20%20min_sessions%2C%0A%20%20%20%20mriqc%2C%0A%20%20%20%20participants%2C%0A%20%20%20%20physio%2C%0A%20%20%20%20sources%2C%0A%20%20%20%20sources_and_or%2C%0A%20%20%20%20species%2C%0A%20%20%20%20task%2C%0A%20%20%20%20task_regex%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20import%20re%0A%0A%20%20%20%20filter_config%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22datatypes%22%3A%20%5Bx%20for%20x%2C%20keep%20in%20zip(KNOWN_DATATYPES%2C%20datatypes.value)%20if%20keep%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22datatypes_and_or%22%3A%20datatypes_and_or.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sources%22%3A%20%5Bx%20for%20x%2C%20keep%20in%20zip(SOURCES%2C%20sources.value)%20if%20keep%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sources_and_or%22%3A%20sources_and_or.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22task%22%3A%20task.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22task_regex%22%3A%20task_regex.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22institution%22%3A%20institution.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22institution_regex%22%3A%20institution_regex.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20the%20exact%20name%20of%20the%20country%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22country%22%3A%20f%22%5E%7Bre.escape(country.value)%7D%24%22%20if%20country.value%20else%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22country_regex%22%3A%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22author%22%3A%20author.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22author_regex%22%3A%20author_regex.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22fmriprep%22%3A%20fmriprep.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mriqc%22%3A%20mriqc.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22physio%22%3A%20physio.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22participants%22%3A%20participants.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22species%22%3A%20%5Bx%20for%20x%2C%20keep%20in%20zip(SPECIES%2C%20species.value)%20if%20keep%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22field_strength%22%3A%20field_strength.value%20or%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20the%20full%20ranges%20keep%20all%20the%20datasets%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22age%22%3A%20None%20if%20list(age.value)%20%3D%3D%20%5B0%2C%20100%5D%20else%20list(age.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22age_unknown%22%3A%20age_unknown.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22sessions%22%3A%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%5Bmin_sessions.value%2C%20max_sessions.value%5D%20%3D%3D%20%5B1%2C%20MAX_SESSIONS%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%5Bmin_sessions.value%2C%20max_sessions.value%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22runs%22%3A%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%5Bmin_runs.value%2C%20max_runs.value%5D%20%3D%3D%20%5B0%2C%20MAX_RUNS%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%20%5Bmin_runs.value%2C%20max_runs.value%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%23%20for%20example%20an%20invalid%20regular%20expression%3A%20keep%20no%20dataset%20and%20say%20why%0A%20%20%20%20filter_error%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filtered_df%20%3D%20filter_data(df%2C%20config%3Dfilter_config)%0A%20%20%20%20except%20ValueError%20as%20e%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filter_error%20%3D%20str(e)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filtered_df%20%3D%20df.iloc%5B0%3A0%5D%0A%20%20%20%20return%20filter_error%2C%20filtered_df%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20contextlib%2C%0A%20%20%20%20filter_error%2C%0A%20%20%20%20filtered_df%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20save_dataset_listing%2C%0A%20%20%20%20tempfile%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20table_to_show(dataframe)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sub_df%20%3D%20dataframe%5B%5B%22name%22%2C%20%22nb_subjects%22%2C%20%22nb_sessions%22%2C%20%22datatypes%22%2C%20%22tasks%22%5D%5D.copy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20convert%20list%20to%20string%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sub_df%5B%22datatypes%22%5D%20%3D%20sub_df%5B%22datatypes%22%5D.apply(lambda%20x%3A%20%22%2C%20%22.join(x))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sub_df%5B%22tasks%22%5D%20%3D%20sub_df%5B%22tasks%22%5D.apply(lambda%20x%3A%20%22%2C%20%22.join(x))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20sub_df%0A%0A%20%20%20%20def%20dataset_listing()%20-%3E%20bytes%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Return%20the%20datasets_results.tsv%20that%20'bids_inventory%20browse'%20saves.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20tempfile.TemporaryDirectory()%20as%20tmp_dir%2C%20contextlib.chdir(tmp_dir)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20save_dataset_listing(filtered_df.copy())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20(Path(tmp_dir)%20%2F%20%22datasets_results.tsv%22).read_bytes()%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22---%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20*(%5Bmo.callout(mo.md(filter_error)%2C%20kind%3D%22danger%22)%5D%20if%20filter_error%20else%20%5B%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20table_to_show(filtered_df)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20page_size%3D15%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20selection%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.download(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3Ddataset_listing%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filename%3D%22datasets_results.tsv%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22Download%20the%20listing%20of%20the%20%7Blen(filtered_df)%7D%20datasets%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(datatypes_histogram%2C%20filtered_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20datatypes_histogram(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(field_strength_histogram%2C%20filtered_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20field_strength_histogram(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20mo%2C%20physio_types_histogram)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20physio_types_histogram(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20mo%2C%20nb_datatypes_histogram)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20nb_datatypes_histogram(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20subject_vs%20%3D%20mo.ui.radio(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22number%20of%20tasks%22%2C%20%22mean%20size%20per%20subject%22%2C%20%22mean%20duration%20per%20subject%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22number%20of%20tasks%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20inline%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(subject_vs%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20mo%2C%20scatter_subject_vs%2C%20subject_vs)%3A%0A%20%20%20%20y_columns%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22number%20of%20tasks%22%3A%20%22nb_tasks%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mean%20size%20per%20subject%22%3A%20%22mean_size%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mean%20duration%20per%20subject%22%3A%20%22total_duration%22%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22---%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scatter_subject_vs(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filtered_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dy_columns%5Bsubject_vs.value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20size%3DNone%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3D%22source%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3Df%22%7Bsubject_vs.value%7D%20VS%20number%20of%20participants%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bsubject_vs%5D%2C%20justify%3D%22center%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20histogram_tasks%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20histogram_tasks(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20mo%2C%20plot_dataset_size_vs_time)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20plot_dataset_size_vs_time(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20hours_log_y%20%3D%20mo.ui.checkbox(label%3D%22logarithmic%20scale%22%2C%20value%3DTrue)%0A%20%20%20%20return%20(hours_log_y%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20hours_log_y%2C%20mo%2C%20plot_hours_vs_time)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22---%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20plot_hours_vs_time(filtered_df%2C%20log_y%3Dhours_log_y.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bhours_log_y%5D%2C%20justify%3D%22center%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20mo%2C%20run_durations_histogram)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20run_durations_histogram(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20mo%2C%20version_histogram)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22---%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20version_histogram(filtered_df%2C%20%22bids_version%22%2C%20%22BIDS%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20version_histogram(filtered_df%2C%20%22fmriprep_version%22%2C%20%22fMRIPrep%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20version_histogram(filtered_df%2C%20%22mriqc_version%22%2C%20%22MRIQC%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(channels_histogram%2C%20file_formats_histogram%2C%20filtered_df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22---%22)%2C%20file_formats_histogram(filtered_df)%2C%20channels_histogram(filtered_df)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20count_institutions%2C%0A%20%20%20%20filtered_df%2C%0A%20%20%20%20institutions%2C%0A%20%20%20%20institutions_locations%2C%0A%20%20%20%20institutions_map%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22---%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20institutions_map(institutions_locations(institutions%2C%20count_institutions(filtered_df)))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(filtered_df%2C%20neurobagel_participants%2C%20neurobagel_unique_participants)%3A%0A%20%20%20%20%23%20participants%20of%20the%20selected%20datasets%20annotated%20by%20Neurobagel%0A%20%20%20%20nb_participants%20%3D%20neurobagel_unique_participants(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_participants%5Bneurobagel_participants%5B%22dataset_id%22%5D.isin(filtered_df%5B%22name%22%5D)%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(nb_participants%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20nb_participants)%3A%0A%20%20%20%20def%20_count(mask)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22%7Bmask.sum()%7D%20(%7Bmask.mean()%20*%20100%3A0.1f%7D%20%25)%22%20if%20len(mask)%20else%20%220%22%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20---%0A%0A%20%20%20%20%23%23%20Participants%20of%20the%20datasets%20annotated%20by%20Neurobagel%0A%0A%20%20%20%20Participants%20of%20the%20selected%20datasets%20whose%20participants.tsv%20was%20annotated%20by%0A%20%20%20%20%5BNeurobagel%5D(https%3A%2F%2Fneurobagel.org%2F)%20(OpenNeuro%20datasets%20only)%2C%0A%20%20%20%20with%20their%20age%20and%20sex%20standardized%20across%20datasets.%0A%0A%20%20%20%20-%20number%20of%20datasets%3A%20%7Bnb_participants%5B%22dataset_id%22%5D.nunique()%7D%0A%20%20%20%20-%20number%20of%20participants%3A%20%7Blen(nb_participants)%7D%0A%20%20%20%20-%20females%3A%20%7B_count(nb_participants%5B%22sex%22%5D%20%3D%3D%20%22female%22)%7D%0A%20%20%20%20-%20males%3A%20%7B_count(nb_participants%5B%22sex%22%5D%20%3D%3D%20%22male%22)%7D%0A%20%20%20%20-%20missing%20age%3A%20%7B_count(nb_participants%5B%22age%22%5D.isna())%7D%0A%20%20%20%20-%20missing%20sex%3A%20%7B_count(nb_participants%5B%22sex%22%5D.isna())%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20nb_participants%2C%20neurobagel_age_distribution)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bneurobagel_age_distribution(nb_participants)%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20neurobagel_per_dataset_column%20%3D%20mo.ui.radio(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22proportion%20of%20females%22%3A%20%22female_ratio%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22missing%20age%22%3A%20%22missing_age%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22missing%20sex%22%3A%20%22missing_sex%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22proportion%20of%20females%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20inline%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(neurobagel_per_dataset_column%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20nb_participants%2C%0A%20%20%20%20neurobagel_bar_per_dataset%2C%0A%20%20%20%20neurobagel_female_ratio_vs_participants%2C%0A%20%20%20%20neurobagel_per_dataset%2C%0A%20%20%20%20neurobagel_per_dataset_column%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20_per_dataset%20%3D%20neurobagel_per_dataset(nb_participants)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_female_ratio_vs_participants(_per_dataset)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20neurobagel_bar_per_dataset(_per_dataset%2C%20neurobagel_per_dataset_column.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bneurobagel_per_dataset_column%5D%2C%20justify%3D%22center%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20version)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20bids_inventory%20version%3A%20%7Bversion%7D%0A%0A%20%20%20%20%5BGithub%20repo%5D(https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fneurodatascience%2Fbids_inventory)%0A%0A%20%20%20%20Dashboard%20maintained%20by%20the%20%5Borigami%20lab%5D(https%3A%2F%2Fneurodatascience.github.io%2F)%0A%0A%20%20%20%20%5BReport%20a%20BUG%5D(https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fneurodatascience%2Fbids_inventory%2Fissues%2Fnew)%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A